Para asegurar la continuidad y coordinación de las investigaciones en torno al yacimiento de Atapuerca se creó esta Cátedra como marco estable, en el que la FDS concede, inicialmente, cuatro becas anuales a jóvenes investigadores que realizan sus tesis doctorales. La Cátedra se creó en noviembre de 1999 ante SS.MM. los Reyes. Asimismo, está previsto que la Cátedra organice un Seminario Internacional cada tres años, para dar a conocer los descubrimientos y avances de las campañas, y para hacer balance de la investigación realizada.
La Cátedra está abierta a cuantas instituciones lo deseen y en julio de 2002 se incorporó a la misma la Fundación Atapuerca.
LA SIERRA DE ATAPUERCA, PATRIMONIO DE LA HUMANIDAD
La declaración por la UNESCO de la Sierra de Atapuerca como Patrimonio de la Humanidad, el 30 de noviembre de 2000, ha promovido una serie de estudios y propuestas dentro de la FDS, desde el Instituto del Paisaje y el Centro de Estudios sobre Desarrollo Local, en colaboración con la Cátedra Atapuerca.
La FDS realiza por encargo de la Junta de Castilla y León los estudios sobre las actuaciones exigidas por la UNESCO para acondicionar este enclave a las nuevas necesidades. Este Estudio sobre las potencialidades de uso de los Yacimientos Arqueológicos de la Sierra de Atapuerca y su entorno, servirá como base para definir en un futuro los criterios de uso y gestión de la zona Arqueológica de la Sierra de Atapuerca y su entorno.
PROGRAMA DE AYUDAS PREDOCTORALES A LA INVESTIGACIÓN
En julio de 2003, fruto de un acuerdo entre la Fundación Atapuerca (FA) y la FDS, quedaron homologadas las becas a la Investigación de ambas fundaciones en el marco de la Cátedra Atapuerca, pasando a denominarse Ayudas Predoctorales a la Investigación. Este acuerdo entre la FDS y la FA atribuye la coordinación de las Ayudas a la Investigación de la Cátedra a la FA, y la organización de reuniones científicas a la FDS.