La Sede de la Fundación está ubicada en el Convento de la Merced de Soria. Este edificio se ha convertido en un centro de referencia internacional de la cultura, la universidad y el hispanismo.

En sus instalaciones se encuentran las oficinas centrales de la Fundación, que acogen la Residencia Universitaria Fundación Duques de Soria, la Sede Mundial de la Asociación Internacional de Hispanistas y su Archivo, la Oficina de Desarrollo Local, el Centro Internacional Antonio Machado,  la Oficina Técnica Soria Románica y desde 2019, la Casa del Hispanista.

La Diputación Provincial de Soria acuerda el 6 de octubre de 1989 la cesión en uso a la Fundación, por 99 años, del antiguo Convento de la Merced de Soria, que se convierte en Sede de la Fundación Duques de Soria. La cesión se materializa el 26 de enero de 1990.